Východní část oblasti Podblanicko patří do geologické jednotky moldanubikum. Jsou to hluboce erodované části pohoří variského stáří, 370 – 300 milionů let. Metamorfované horniny vznikly přeměnou sedimentů a sdružených vulkanitů, které tvořily zemskou kůru již před variskou orogenezí. Přeměna (metamorfóza) těchto hornin proběhla za poměrně vysokých teplot ca. 550 – 700 °C a tlaků odpovídajícím hloubkám 20 – 50 km v zemské kůře. Na povrch se tyto horniny dostaly díky výzdvihu zemské kůry v oblasti variského pohoří zejména v období před 320 – 250 miliony let a menším výzdvihům i v pozdějších obdobích.
Jednotku moldanubika tvoří zcela převládající pararuly několika typů a migmatity s polohami (vložkami) odlišných hornin, jako jsou kvarcity, vápence, erlany, amfibolity a tělesa ortorul.
Pararuly a migmatity přitom zabírají v naší oblasti asi 90 % ploch území moldanubika. Vlivem působení tlaku vznikla v pararulách charakteristická planární stavba, podmiňující deskovitou odlučnost, někdy i ohyby ve tvaru vrás.
Komplexy pararul v moldanubiku se obvykle člení na jednotvárnou jednotku (skupinu), která obsahuje jen malé množství vložek odlišných hornin a na pestrou jednotku (skupinu), která obsahuje vedle pararul větší množství odlišných vložek. Jednotvárná jednotka se obvykle považuje za celek mladoproterozoického stáří (ca. 800 – 550 milionů let), pestrá jednotka má pravděpodobné staropaleozoické stáří (ca. 500 – 400 mil. let).
Pararuly vznikly přeměnou písčitých a jílovito – písčitých sedimentů v podmínkách výše uvedených teplot a tlaků. Za těchto podmínek sedimenty rekrystalizovaly v sillimanit – biotitické pararuly, které se skládají z křemene, plagioklasu (Na – Ca živec), biotitu, někdy i menšího množství K – živce. Vedlejší minerály tvoří často sillimanit (silikát aluminia – Al2SiO5) a granát, kdežto apatit, zirkon, monazit, ilmenit a sulfidy pyrit nebo pyrhotin bývají zastoupené jen ve velmi malých množstvích. Obsahy živců (plagioklas a K – živec) jsou důležité při zvětrávání rul pro vznik jílových minerálů a vlastnosti úrodných půd (draslík), malé množství fosforu poskytuje apatit. Akcesorie zirkon a monazit, v podobě drobných zrníček o velikosti méně než 0,1 mm, obsahují důležité informace o stáří krystalizace horniny nebo dokonce o stáří zdrojových hornin, ze kterých původní sediment vznikal.
Pararuly obsahují, v závislosti na poměrném zastoupení hlavních minerálů, obvykle okolo (hmotnostní %) 60 % SiO2, 17 % Al2O3, 5 % FeO, 2,5 % CaO, 3 % Na2O a 3 % K2O. Mimo tyto hlavní prvky je přítomno v malých až stopových množstvích přes 50 různých chemických prvků od obsahů ve stovkách gramů až po jednotky gramů na tunu horniny. Je důležité, že obsahy radioaktivních prvků v pararulách jsou poměrně nízké – uran ca. 3 g / t, thorium 12 g / t, díky čemuž v terénu pararul obvykle nebývá zvýšené radonové riziko (na rozdíl od území s některými typy granitoidů).
V menším úseku jižně od Mladé Vožice se vyskytují muskovit–biotitické pararuly až svory, tj. horniny s vyšším obsahem muskovitu a sníženým obsahem živců. Tyto horniny odpovídají krystalizaci za poněkud nižších teplot. V různých částech území byly pararuly vystavené podmínkám částečného tavení, postihujícího hlavně křemen – živcové podíly hornin. Drobné lokální taveniny pak vykrystalizovaly v podobě světlých čoček nebo pásků, obvykle rovnoběžných s planární stavbou rul. Horniny, v nichž se tavení uplatnilo jen v malé míře, bývají označené jako migmatitizované pararuly. Při větším rozsahu tavení, při teplotách blízkých 700 °C, vznikly migmatity, tj. smíšené horniny, které se skládají z tmavých partií vzhledu pararul a světlých partií bohatších živci a připomínajících vzhledem granitické horniny. Horniny s páskovanou texturou (stromatitické migmatity) mívají ještě převahu pararulového materiálu, typy s převahou granitického materiály (nebulitické migmatity) mívají jen skvrny nebo šlíry nabohacené biotitem. Oba typy migmatitu mohou mít vrásové stavby, podobně jako vystavené bloky z lomu Mladovice u Benešova.