Původně raně gotický chrám ze 13. století se nachází v místě nejstaršího osídlení Benešova a je zde nejstarší dochovanou stavbou. Po požárech v letech 1420 a 1648 byl nejprve upraven ve stylu pozdní gotiky a poději zbarokizován. Dochovaly se zde cenné barokní sochy M. B. Brauna a nástěnné malby I. Raaba. Před vchodem do kostela stojí samostatně horní zvonice. V ní je několik zvonů z 15. a 16. století a nynější podoby nabyla po opravě v roce 1828, kdy byla opatřena hodinami.
Na jižní straně se dochoval gotický profilovaný portál, členěný sloupky. Na barokním hlavním oltáři je obraz madony na dřevě (kolem r. 1500). Na stěnách najdete cyklus výjevů ze života sv. Klimenta.
Kostel stojí na vrcholu mírného návrší. Celý obvod stavby s výjimkou západního průčelí a menší části jižního průčelí je pojat do ohrazeného prostoru hřbitova. Z celé plochy hřbitova do chráněného kostelního areálu patří jen náhrobek dr. V. Haeringa jižně od kostela, ostatní komponenty celku leží vně hřbitova: zvonice před jihozápadním nárožím kostela a socha sv. Jana Nepomuckého v koutě mezi jižní boční lodí a k ní přistavěnou předsíní.